Следите за тем, какие индексы используются, а какие нет. Для этого время от времени проверяйте представление pg_stat_user_indexes. Оно накапливает случаи обращения к индексу. Сохраняются имя схемы, таблицы, индекса, дата последнего обращения, общее число обращений, число прочитанных элементов, число прочитанных строк. Пример:

select * from pg_stat_user_indexes
where relname = 'users'
order by last_idx_scan desc nulls last

Удалите индексы с малым показателем idx_scan. Сделайте такую проверку регулярной, например раз в месяц.